Wann Schondorf erstmals eine eigene Kirche hatte, ist nicht überliefert. Doch erlauben Funde aus der Reihengräberzeit (um 700) sowie das ursprüngliche Patrozinium St. Martin den Rückschluss auf die Existenz einer Kirche in Oberschondorf im frühen 8. Jahrhundert. Schriftlich ist die Oberschondorfer Pfarrkirche erstmals 1248 bezeugt, als der letzte Andechser Herzog Otto seinen Besitz und auch das Patronatsrecht über die Schondorfer Kirche dem Stift Dießen vermacht.
Endgültig dem Kloster Dießen inkorporiert wird Schondorf 1333. Die Seelsorge sollte wohl durch den Pfarrer von Utting organisiert werden, ehe Oberschondorf in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts als eigene Pfarrei organisiert wird Zur Pfarrei gehören neben Oberschondorf die Orte Unterschondorf mit seiner um 1149 erbauten, bis heute weitgehend original überlieferten St. Jakobskirche, Oberwindach und Steinebach.
Das Anna-Patrozinium in der Pfarrkirche setzt sich erst um 1870 endgültig durch. Das stete Bevölkerungswachstum, insbesondere die starke Zunahme nach 1945, führt zum Bau der neuen Pfarrkirche Heilig Kreuz 1956/57. Einen eminenten Einschnitt stellt das Jahr 2009 für die katholische Pfarrei mit der Gründung der Pfarreiengemeinschaft Utting-Schondorf dar. Erstmals seit dem 16. Jahrhundert residiert in Schondorf kein Pfarrherr mehr. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts wird eine größere Zahl evangelischer Christen in Schondorf ansässig, deren Zahl nach 1945 nochmals zunimmt; sie gehören zur 1948 gegründeten evangelisch-lutherischen Pfarrei Dießen-Utting.